Im 2. Weltkrieg wurde das Gebäude schwer beschädigt, wobei ein Großteil der Bücher verloren ging. Als nach dem Krieg die Universität an die Olshausenstraße verlegt worden ist, verblieb die Medizinische Fakultät an ihren alten Standort. Seitdem befindet sich in der Alten Universitätsbibliothek die meditinische medizinische Abteilung der Zentralbibliothek.